《半条命2》的故事是紧接着《半条命》展开，由于黑山基地事件的影响，引发高科技的外星邪恶殖民势力多维空间帝国的星际联合军入侵地球，全人类被迫屈服在星际联合军的统治下。玩家再次扮演主角戈登·弗里曼，将带领人类推翻联合军的暴政。