《武魂2》此次在副本中加入了挑战模式，挑战模式下的副本难度是号称“变态级”的，与普通副本和噩梦副本相比，挑战模式的特点在于，怪物在攻击力、防御力以及血量等方面都有不同程度的强化，而且更加智能;限制挑战的时长和次数，也是增加了挑战难度的一个因素。
在刚进入挑战模式时，玩家需要快速消灭前几波小怪，《武魂2》的挑战模式与其他游戏最大的不同在于它的战斗节奏很快。怪来的快，你需要很快摸清怪物的致命点在哪里，一举消灭他们。挑战模式下更加考验团队的协调配合。
此次的终极boss是一个有魔王式的翅膀的反派角色——鬼谷子，体型敏捷又具有力量，他的攻击方式十分多样化，还能召唤分身打乱玩家的阵脚，冲散团队的阵型。玩家在打副本时需要集中注意力随时防御boss出其不意的招式。
终极Boss鬼谷子
不仅如此，挑战模式里的怪都是有情绪的，当他血量比较足的时候，它会比较兴奋，伴随着攻击会有些咆哮的动作，当他比较孱弱，血量低的时候，它会主动选择防御，躲开你的攻击，在旁边喘气歇几秒钟。
挑战模式作为一种快速通关的玩法，玩家完成的时间越快，最后的分数就越高，奖励也随之更丰厚。比如在完成挑战后会掉落一些用钱买不到的道具，或者需要许多材料合成的珍稀物品如高阶神石等。
