22世纪，一座隐藏在南极冰川下的外星飞船残骸被一个科考小队发现，引起了全世界的关注。各国决定联合对该飞船外星科技进行研究和破解：生物机械、生化科技、超智能机械等一系列新科技被迅速应用到各个领域中。而随着进一步的挖掘，一个充满未知能量的物体在保险箱中被发现了，其表面不断释放着一种未知物质，被科学家们称为反物质之核。
它有什么用?这成为科学家们研究的一个难题……正在各国努力研究的过程中，该物质却被致力于统治世界的怪博士抢走了!
怪博士在对反物质之核进行实验时，成功激发了反物质之核能量，发生大爆炸，一股未知高等级能量在瞬间扩散到了全球，引起了一系列变化：地球磁场在不断加强，一些地区出现疑似空间裂缝的超自然现象;多个地区出现未知病毒，人类和动物感染后变成丧尸袭击人类;丛林和海洋中很多生物发生变异，变成非常富有攻击性的巨形怪兽;天空中出现了未知的机甲军团……一时间，人类遭遇到了前所未有的挑战和灾难!
在不断的对抗中，幸存下来的人类组建成了保卫军团，保卫军团中有极少部分在特定情况下通过反物质之核，成为了强大的异能者;而另一部分则依靠科技力量制造出强大的武器和机械，甚至通过机械改造等方式来获得强大的力量，成功地阻止了怪博士对人类世界的进一步破坏，通过他们的努力，最后终于战胜并拥有这种未知的能量，开始了新的纪元!
《4399战争使命》游戏主打写实风格，让玩家体验更为真实的枪战。在界面设计方面，以稳重简约为整体思路，辅以精致的细节设计，给玩家最好的操作体验。游戏页面以战火下的城市为背景，给玩家更好的代入感。精美的武器设计，多个系列的推出，满足玩家不同的需求。对于载入画面，《4399战争使命》精益求精，不断优化结构和色彩。务求消除玩家的对于等待的厌烦感。
在玩法模式上，《4399战争使命》除了团队、个人、爆破这些经典竞技模式，还有勇者闯关模式的生存玩法，娱乐对抗模式下的生化模式、大头模式、生化逃杀，以及恶魔试炼模式等玩法。众多武器选择和更多地图挑战也是重中之重。
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