获得了飞空艇之后就可以到这些地点探索了，方式是和飞空艇内的希德对话，选择“输入”或“探索”，之后列表中会出现新地点。由于隐藏地点内多为强力道具，而且没有怪物看守（除巴吉耶朋寺院和欧米茄遗迹）建议在获得飞空艇后立即前往探索便于迅速攻关。
| 【输入】部分 | |||
| 密 码 | 地 名 | 道 具 | 说 明 |
| 神之手 | 蘑菇岩谷底 | 神之手（琉克七曜武器） | 无AP，空格3 |
| 胜利凯旋 | 比塞德遗迹1 | 胜利凯旋（琉克防具） | 雷/火/冰无效，空格1 |
| 村雨 | 比塞德遗迹2 | 村雨（奥隆武器） | 贯通，MP消耗1,空格2 |
| 【搜索】部分 | |||
| 坐 标 | 地 名 | 道 具 | 说 明 |
| 11.16；57.63 | 巴吉耶朋寺院 | - | 见下文详解 |
| 12.16；41.45 | 萨努比亚沙丘 | 阿斯卡隆（提达武器） | AP2倍 |
| 29.32；73.76 | 比塞德彩虹瀑布 | 龙骑兵长枪（基马利武器） | 魔法反击，闪避反季，空格2 |
| 33.36；55.60 | 密亨海上遗迹 | 开拓者（琉克武器） | 先发制人，毒性攻击（改良版），空格1 |
| 39.43；56.60 | 蘑菇岩战场遗迹 | 幻影手镯（露露防具） | 冰吸收，火吸收，水吸收 |
| 70.19；33.38 | 欧米茄遗迹 | - | 隐藏迷宫&隐藏BOSS |
巴吉耶朋寺院比较特殊，有用东西非常多，放在这里单独说。场景内能获得不遇敌武器、露露七曜“洋葱骑士”以及最强隐藏召唤兽阿尼玛。该场景是游戏初期提达被水中怪物袭击的地方。进入场景之后一定要存档。沿着废墟直走能跳到水中，此时队伍变成提达、瓦卡、琉克三人。潜水后往地图绿点地方前进会遇见水怪，该敌人弱各种魔法属性，建议提前装备属性武器及石化/即死防具。击败后随即掉任意一人的落武器，运气好的话会出现“不遇敌”属性并带1~2空格。没出就读档重来。然后往反方向走，继续潜水，到一个特写的场景，右下会发现宝箱，里面是露露的七曜武器“洋葱骑士”（击败Boss后才会出现宝箱）。拿过武器之后就可以进入绿点的寺院了，寺院内是隐藏召唤兽，如果之前六个寺院的隐藏宝箱都拿过了，那这里就可以直接获得召唤兽。
如果封印无法解除说明对应寺院的隐藏宝箱没拿到，封印对应寺院如下：
左上：比塞德，左中：马卡拉尼亚，左下：扎纳尔坎德，右上：贝薇尔，右中：约塞，右下：基利卡。
