十三、自来也
53级BOSS，自来也，火之国木叶忍者村的“三忍”之一，三代火影猿飞日斩的弟子，四代火影波风水门、漩涡长门、弥彦、小南、漩涡鸣人的师父。他指导鸣人修行，在鸣人成长的道路上有着重要的作用。在雨忍村和六道佩因的战斗中不幸战败，身体沉入水底。
十四、纲手
55级BOSS，纲手，火之国木叶村第五代火影，初代火影千手柱间的孙女，也是传说中的“三忍”中的一点红。“纲手姬"是医疗忍术巅峰的女忍者，擅长体术和医疗忍术，拥有毙命一击的“怪力”(将大量查克拉精确细致地提炼出来并迅速把其燃烧)，在医疗忍术方面技术非常高超，堪称《火影忍者》里面的“医圣”。
十五、大蛇丸
58级BOSS，大蛇丸，火之国木叶村的叛忍，木叶村的“三忍”之一，与自来也、纲手同为第三代火影猿飞日斩的弟子。擅长研究忍术且渴望得到写轮眼，闻名于忍界。具有不老不死的力量和惊人的再生能力。
十六、鬼鲛
60级BOSS，鬼鲛，晓组织成员之一，代号南(南斗)，原本是雾隐村的忍者，也是“忍刀七人众”的一员，有着跟鲨鱼相像的面孔、肤色及尖锐的牙齿。擅长使用水遁及手上的异状大刀“鲛肌”(能吸取查克拉的大刀)进行攻击。
