本作基本上可以分为两个部分：RPG部分与战斗部分。
RPG部分：
小隊编成：利用手头上的机体编成小队。这里有几点要注意的：
1、持有的机体一定要编入小队，否则不能出击。
2、每台机体都有自己的COST值（コスト），最多只能出击COST合计不超过为15的机体，编成的时候我们也要仔细取舍。
3、总共可以编成6个小队备用。
4、选中机体后选择最后一项，可以给机体装备芯片。每台机体只能装备一个芯片。
マツプ：地图。实际上直接按X键就能打开地图。
サブツナリオ：支线任务。随着主线剧情的推进，我们也可以触发各种各样的支线任务，总共80个。
コレクシヨン：收集。可以查看自己收集的机体的资料。
セ—ブ：储存进度。
ロ—ド；读取进度。
オプシヨン：设定。可以设置游戏中文字显示的速度与战斗动画的有无。
もどる：退出菜单。
按下X键打开地图，我们可以移动自由移动游标到学园的各个部分。绿色的是现在主角所在位置，而红色位置表示有剧情发生，蓝色表示可以自由前往，可能获得支线任务等。将游标停在想去的地方按下A键即可前往。
战斗部分：
对战开始时，系统会让我们选择打头阵的两架机体，之后就正式进入战斗部分了。
在回合开始时，我们需要选择一个战斗方针。这五项战斗方针互有相克。在战斗方针上胜出的一方可以获得10点额外的行动点（称为AP），这个是可以一直保持下去的。
之后我们就要设置各个机体的行动方针了。一共有着10个选项可供我们选择，它们分别是：
武器：选择武器进行攻击。可以看到每个武器上都标有AP的消耗量，越强的武器消耗的就越多。武器大多有些附加效果，如果使用时效果必定发动的话，武器的后面会多出一个红色的正方形图标。
另外也要注意全队的EN是共用的，每个回合会回复一定的数值，所以没有把握的话一次就不要用掉太多了。不过在自己机体很多时，每回合也会回复很多EN（100上下）。
精神：使用精神。要注意的是用精神也要消费AP，而且为了游戏的平衡，很多精神的效果都进行了改变。
回避：消费10点AP，进入回避态势，对方命中率减半。
防御：消费10点AP，进入防御态势，自身受到伤害减半。
援护：要求预备机体进行援护。之后受到敌人攻击并且命中的话，援护机体会以防御方式接下这一击，之后与受援护机体交换而上场。
交替：消费10点AP，换上预备机体。换上的回合预备机体回避率加倍。
修理：让拥有修理能力的机体进行修理，修理量为2000。
补给：让拥有补给能力的机体进行补给，一次补满。
变形：如字面意思，机体变形。
能力：查看机体能力。
