收拾掉它们后，继续前行。在一个大房间中需要击败一只大型怪物。瞄准其头部附近的黄色位置猛烈射击。注意射击的时候躲避好怪物的冲撞。
杀掉这只怪物后破解机关，坐电梯来到研究室的核心部分。看到了那个巨大的神石。
启动前面房间内的仪器，然后钻进去，准备开始做手术。
这个手术是要把针刺入Isaac的眼睛。移动鼠标来控制针的位置，按住鼠标左键来使其下降。注意不要太急，要下降一段距离后暂停一下，等待Isaac的呼吸平缓一点，再下降手术针。还有要使光束变为蓝色才是对准了眼睛。
成功把针刺入Isaac的右眼。第十三章结束。
