本作的故事模式共9关，代表着飞鸟和鱼的九次轮回。游戏中玩家将同时操纵飞鸟和鱼在每一次轮回中收集灵魂碎片，最终灵魂交织进化为飞龙。
操作方法很简单，左摇杆操纵鱼，右摇杆操纵飞鸟。因为要两手同时控制，非常考验玩家的反应速度、协调性和手的稳定性。
游戏流程大致可分为两个阶段：
第一阶段：收集飞行路线上散落的碎片，同时集满画面上方的两个槽后同时按下L1与R1即可进入灵魂交织的状态，继续收集碎片使两个槽连在一起即可通过第一阶段。需要注意的是在灵魂交织状态时容错率较低，要求玩家眼明手稳。
第二阶段：飞鸟和鱼进化为飞龙，收集场景中的光球，集满画面上方的绿色槽后同时按住L1和R1，然后随便飞就好，把绿色槽消耗干净后会出现一个光球，飞过去就可以到下一关了。这一阶段的操作有些别扭，默认摇杆向上推是向下飞，向下推是向上飞。
下面是一段故事模式的演示视频：
