在这个电子技术高度发达的世界里，数码宝贝作为GIGO推出的一款游戏流行于孩子们当中。某一天，主角在登陆网络和朋友们聊天的时候，突然收到了一封神秘的邮件，他和朋友们在尝试输入了许多不正确的密码之后，偶尔想到了这个词：RE…Degitize。他们一起同时输入了这个密码，而后被从电脑中涌出的奇怪电子雾包裹住，消失在了现实世界中。
当主角醒来的时候，发现身后出现了一直亚古兽。亚古兽说自己正是主角一直在玩的那款游戏中所养的数码宝贝，而且他们是数码塔的「斗技场」中第三对组合。至于为什么主角会突然出现在这个本应不可能以肉体出现的世界中，亚古兽也不得而知，所以它建议主角和他一起去「はじまりの街」一起去寻找一下可以回到原本世界去的线索。
就在此时，突然有一头加布兽冲了过来。至此我们进入第一场教学战斗。
玩家所需要的给数码兽下达指令。
「まかせた」是交给数码兽自己判断。
「アイテム」是给道具来支援。
「にげろ」是逃跑。
「離れろ」是远离敌人。
「たえろ」是防御。
「思いっ切り」是全力进攻。
这些可以通过十字键来切换。
当HP\MP槽旁边的必杀槽蓄满的时候可以摁□键来发动，当摁下〇键指针正好停在有色区域内时，必杀伤害将倍增，而当敌人使用时，同样让指针停留在区域内可大幅度减少伤害。必杀槽可以通过攻击以及受到伤害来回复。
战斗后，笔直向前走便能来到はじまりの街。到达之后，先去公公兽加收集情报，笔直向前走即可。途中碰到的两只幼年期数码兽似乎很害怕主角，说着「又有人类来了」就逃走了。这是怎么回事?
在和公公兽的对话中，主角得知自己是第三个来到街道上的，前一名是个很傲慢的女孩子。主角表达了自己想要回到现实世界的想法，而公公兽则让他去寻找失踪了的仓库老板，也就是之前所遇到的那只奇怪的加布兽。
