故事梗概：
故事发生在事件结束后2天，联邦军队下令摧毁BOTTLE ship。在发布最终命令前夕，萨姆斯驾驶飞船回到了BOTTLE ship检查遗漏的物品，还有某个必须要拿回的无可替代的东西......
游戏流程：
▲(Map_点击查看大图)
Step 1：
飞船停靠在Main sector的停泊点，再次来到游戏初始的地方，PDA系统显示目标区域位于Main sector中部的中央控制区，也就是adam的在游戏初期给第7小队分配任务指挥作战的那间。地图也都走过不止一遍了，所以顺利来到中部区域。
(因为实际上是收集流程，所以在此过程中，玩家便可以根据PDA地图系统的蓝光提示，尽
量搜集之前错过的道具。配合新能力仔细寻找吧。本文着重小部分剧情流程，故对收集部分不做过多描述)
▲利用新技能探索场景内的隐藏区域
一路来到中央控制室，发现通往控制室的电梯关闭了，搜索周边也没有其他通路。只好绕道走了。来到右侧的房间，调查右边的墙上发现一半球状闸门，提示使用super bomb(宇宙大爆炸)破坏。按A变球形态，蓄力使用super bomb。不料这半球状的障碍物其实是之前最终战时间过的甲壳虫形怪物，又是机械体和外星生命体的remix产物。来者不善，火力全开轰杀之。甲虫怪行动迅速，近身的抓投技很犀利，很难找到空档改视角放飞弹，使用蓄力射击和紧急回避对付它吧，几次攻击后甲虫怪会变红，并且短暂喘息，注意此时要抓紧时间近身终结之，不然它会变成防御状态回复一定体力后再次战斗，十分难缠。
▲炸开此门触发战斗
消灭甲虫怪之后向右通过新区域，开阔的房间中央有个高耸的柱状设备(绕着中部跑发动冲刺高跳并配合super jump可以到达顶部的小平台，有个加血槽上限的粉罐子收集)，通过另一侧的门之后一路走到此区域尽头，搭乘电梯可以前往Sector 2.
▲围着中部跑发动高跳，在顶部可以取得增加血槽道具
Step 2：
从电梯出来，发现自己身处Sector 2靠近sector zero入口的位置，来到旁边的房间，从左边的通路向局域中部移动。(沿途注意收集各种遗漏的收集物)由于main sector中央控制区下方电梯通路关闭，所以考虑从sector 2经中央电梯迂回至main sector上方再寻找通路。还是之前走过的路线，沿途的敌人基本上可以无视。一路来到地图中左部的电梯区，返回Main Sector。(此时也可以选择先去Sector 3收集遗漏的道具)
Step 3：
从中央电梯处向下，继续向指挥所前进，结果很悲剧的发现，通路也被封闭，而且向下的电梯也使用不能。返回隔壁的走廊，在右侧墙壁再次发现半球形闸门机关，炸掉后消灭甲虫怪，来到门的右侧，发现了通往Main Sector左侧区域的隐藏通路。
▲位于右侧的隐藏通路
来到左侧后便进入一段很长的弧形通道，而且通道被闸门分隔为几部分，每一段都有两批怪物把守(总共5部分)，消灭敌人前进吧，需要注意在最后一段的守敌是之前见过很难缠的小BOSS(怪虫?)，此时能够使用super bomb，所以战斗还是比较轻松，但是要注意他们近身攻击威胁依然存在，小心应战，否则失败的话这一长段战斗流程都要重来.击败小BOSS后通过这一区域。在隔壁房间存档回复。
