Sequence 5
在前一章节中男主角得到了长老的允许，离开部落，去Davenport Homestead寻找一位老人，训练自己的战斗能力。经过长途跋涉来到了Achilles的家门口，却被Achilles拒绝接见，就要下雨了，于是男主角在马厩睡了一晚上，第二天再去敲门，Achilles干脆不理他了，不放弃的主角又去后门敲门，仍被拒绝，气急之下跳到阳台想闯入拜师，被老头一下子撂倒在地。主角不甘心放弃复仇的希望，又回到马厩打算将就一晚。晚上碰到了圣殿骑士的士兵，他们打算趁Achilles在睡觉强行闯入占用庄园。主角与士兵发生冲突，被打倒在地（战斗胜利后剧情也是主角输），在主角被殴打的时候，老人默默地就把多余的士兵都干净利落地掉了。处理完毕尸体，Achilles终于让主角进了家门。Achilles与主角谈论刺客的使命，之后再领着主角来到自己的房间，在那些要除掉的圣殿骑士的最高层领导人，正是主角的父亲Kenway。主角的毅力与决心打动了Achilles，他决定训练他，让他成为一名合格的刺客。
六个月后，老头驾着马车带主角前往波士顿，并且给主角取名Connor。此时的波士顿处于圣殿骑士的统治之下，非常混乱。Achilles让Connor去杂货店购买自己给出的清单上的东西，只需要告诉老板马车的位置就够了，找到杂货店与老板交谈后回去找老头子。此时街上的游/和谐/行活动变得非常剧烈，军队与市民的冲突变得强烈。Achilles带着Connor来到广*场，见到了已经成为圣殿骑士领导人的父亲Kenway，老头子命令Connor追踪刚与Kenway交谈的士兵，如果士兵消失在视野15秒将任务失败，一路都是情绪非常激动的市民，非常好掩饰自己。跟随士兵到了房顶，原来Kenway刚刚下令使用武力镇压示*威活动，刺杀掉下令的士兵，可是却没有料到一切早被Kenway看在眼里，血腥镇*压照常进行，Kenway命令手下将Connor击杀。此时Connor处于会被攻击的三级状态，需要避开所有士兵的视线，躲过一段时间后才会消除。在警报消除后，Connor在城市里寻找Achilles，此时他处于被通缉的状态，被士兵发现仍会被攻击。避开士兵来到之前马车位置，发现Achilles已经离开了，Samuel Adams前来与Connor交谈，他受Achilles委托协助Connor逃离波士顿，全城都有Connor的通缉令，但是在这个人与人之间不存在互相帮助的城市，只要撕掉就没几个人记得住。撕掉两张自己的通缉令后，找到Adams，会介绍认识城市中的传言散播者，以后在非红色区域被攻击都可以通过给钱的方式消除追踪。Adams要求Connor护送自己到绿龙旅馆。旅馆已经被英军封锁，在任意一入口先从高处寻找刺杀点，消灭掉一个再迅速打倒另外一个守卫，之后呼唤Adams进入，在墙壁中找到暗道，在暗道尽头撬开门锁，到达地下通道的一处出口，此后当碰到带有地下通道标识的建筑，便能触摸后选择城市自由来往了。离开地下通道，在打印店找Adams，Adams告诉主角如果被追杀的太紧进入附近的打印店便可大幅度降低曝光程度。最后，Adams将主角带到码头，告诉主角最后一种快速移动的方式--轮船。Connor对Adams所做的一切非常感激。
告别Adams，坐船回到Davenport Homestead，首先要去找老头子算账。Achilles一脸无辜地表示经验比学习重要，这次只是为了给他实践的机会，Connor通过了测试，Achilles将自己曾经作为刺客的装备送给Connor。交谈时有人敲窗求助，与其对话才知道他同伴被水冲走了。追上他，在河边能看见急流中有个人抓着树木被冲走，不远处就是瀑布。Connor利用强大地丛林求生技巧，在树木间穿梭追上流木的速度，木头有两个卡住一小会的地方，一个在半路，另外一个是瀑布前一些的位置，最好不要掉下水，不仅拖速度还会影响成绩。救起村民后，游戏的家园功能开启，以后完成房子图标的任务将增加家园定居者的数量。Achilles告诉Connor已经没有能教他的东西了，离开时对Connor说让他有空就去他的小屋看看他。第二天Achilles又来了（做刺客的老头真是寂寞），带着Connor去找Robert Faulkner，Robert是一位爱自己船如命的酒鬼，却也是一位经验丰富的航海家，因为缺少钱和材料修理自己的爱船而离开大海。Achilles会交给Connor如何进行资源交易。几个月后，Robert的船在Connor的帮助下终于修好了，但是还缺少了武装。于是一行人驾着修好的Aquila号前去Martha's Vineyard购置武器，沿路Robert会教主角驾驶船只。Robert在酒馆和老朋友们聊天的时候，Connor找到圣殿骑士的长官问查理斯的下落，眼看冲突在即，酒馆老板娘出面化解，让Robert一行离开。装备了武器后，Connor将学习海战技巧（按住LT，转动左摇杆锁定目标后松开为旋转炮攻击，按住RT，转动摇杆锁定目标后松开为加农炮攻击，前者对小船只有明显效果，后者一般用于大船。当敌方船只发射炮弹的时候，按下X键可避免对船上人员的伤害）。学习完毕后，一行人开着Aquila号开开心心地找圣殿骑士的船出气（.......）使用旋转炮消灭两艘船，并且以娱乐的心态（......）躲过对方三次炮弹的冲击后，任务顺利完成。一行人回到家园的码头，Robert表示非常开心，随时欢迎Connor再来他的船上一起航行。回到Achilles的住处，Achilles因为Connor的不辞而别感到伤心，Achilles一边舍不得，一边却很欣慰Connor的成长。把那套刺客信条的标志性衣服送给了Connor，并且宣布Connor是兄弟会的正式成员。
时空转回现代，机器没电了，刚醒来的Desmond就被安排去曼哈顿取能量块，正被Connor故事吸引的Desmond干脆地接受了任务。前往曼哈顿，使用攀登的技巧借助大楼外围的建筑材料爬到能跳到目标地点的高台。每段路对应一个自动存档点，前两段路通过跳跃钢块，房间外围和穿过圆环钢圈即可通过，最后的一段路需要先跳到大楼外部，再从外部翻到另外一侧靠近塔的地方，爬上塔的最高处，往外围走，看到直升机停降的平台后触发剧情。加速向平台方向跳跃，等到女配角喊命令的时候按下X键打开降落伞。进入大楼取得能量，遇见Danniel Cross，剧情把他打晕，与其他人一起返回遗迹，重新开启机器，继续接下来的故事。
