游戏的主角依然是隼龙。游戏的风格也基本与前作相同。不过，因为大幅度加强了视觉的冲击力和血腥度，因此战斗的爽快感也提升了一个档次。除了视觉效果的提升外，游戏也提供了多种全新的武器可供选择。
除了画面、操作以及系统的进化之外，本作还将初次加入录像功能，玩家可以上传自己的影像给官方，也可以从服务器中下载高手的录像，以便提升自己的技能。
东京摩天楼
游戏正式开始，村正的店中，索妮亚正在向询问村正着隼龙的下落，几个土蜘蛛突然杀入店中，一阵打斗后，索妮亚不敌，被敌人用锁链困住。此时隼龙出现，斩杀几个敌人后，索妮亚被敌人带走。开始先熟悉下操作，斩杀几个敌人后，进入村正的店内，得知索妮亚正寻找隼龙，于是隼龙又开始英雄救美。店内的宝箱别忘记了拿，出门朝右走，角落里有个记录点，本代的记录点可以恢复体力，但是只能用一次
，存储后，店门左边的闸门就开了，一路前进吧。杂兵比较多，小心应付，推荐对杂兵招式，飞燕后接重攻击Y，一路上的忍者尸体身上都有卷轴，每取得一个卷轴，再使用其忍术，就可以得到成就，路上的宝箱也比较多，基本都在醒目位置，其中有一个是火炎龙，千万别漏了，来到房子的尽头，先别忙着跳下去，对面屋檐上有个水晶骷髅，跳过去取得。 然后跳下屋檐，斩杀杂兵后，继续赶路，路上的宝箱里有九字神珠，基本都是直路，没岔道，爬出屋外后，来到一座桥前，先别急着过桥，跳到桥下去，河道左边有个宝箱，河道右边尽头也有宝箱，里面是神命珠。都取得后，过桥，来到一个佛堂前，杀完全部杂兵后，佛堂的门才会开，进去调查佛像取得无想新月棍。
佛堂内右边的记录点存储后，出佛堂向右走，路上有个口子可以下去，下面的宝箱有一个是神命珠，路上有个弓箭手，从旁边的树跳上去，消灭后，上面有个水晶骷髅。来到一座院内，房子里墙上的画可以斩掉，里面有个隐藏房间。
然后进入最左边的房子，斩掉推拉门，来个，进入后院，这里有个村正的雕像（用来买道具和升级武器）。
玩到这里，黄魂的数量应该有1万了，建议把龙剑升级到第2级，跳入井内，这里有蝙蝠，用手里剑消灭便是，打开门，继续前进，在通道的尽头有个缺损处，向取得前面的宝箱，然后再从这跳下，来到双头龙建筑前。一段剧情后，进入建筑物。来到一个楼梯口，上下都去下，下面有宝箱，上面有ID卡。用ID卡打开门。
进入房间后，用飞鸟之术跳到上层，上楼梯后，打开门便是BOSS战。很简单的BOSS，他的攻击分为连续攻击，和跳压，和他保持一定距离，然后用风驱+飞燕，来回飞就是了。
然后救下了索妮亚，本章结束龙之城
总算回来了，对于忍龙的老玩家来说，这关的场景很熟悉，开始上忍龙1的场景，后半是DS上忍龙的场景。一路前进，来到存储点，进入大门，然后门会关闭，一场杂兵战后，门会打开，前面的门开不了，只要回头，一直来到武器库，这里也进不去，只有走水路，水下面有个水晶骷髅，别忘了拿。然后使用水上飘，一路前进，上岸，来到一座屋子，屋里里有硬壳猛禽爪，千万别漏了。
来到前坪，这里杂兵众多，而且还有不少弓箭手，优先消灭弓箭手，然后把这里的杂兵杀光，一直杀到不会出位置，然后旁边供奉处的蜡烛就会点燃，上去调查，得到修罗之仵（从第3关开始可以进入传送点，进行百人斩）。然后从旁边的山道前进，一路上会通过4个寮望台，上面都有弓箭手，由于现在还没弓箭，所以只能躲避，路上还有杂兵，小心应付，来到存储点，存储点前有个石洞，进去以后，后面会跟上来两个杂兵，灭之，到尽头使用飞鸟之术跳到洞外，继续前进，来到一房子前坪，然后从旁边跳上屋顶，屋顶上有个破口，跳进去，消灭几个弓箭手，取得墙上的弓箭，来到门前，用弓箭射击对面的机关，打开门。进入以后，有场BOSS 战，还是第一章的BOSS，只是这次，BOSS身旁多个5个杂兵，如果被BOSS和杂兵围住的话，非常危险，所以先消灭杂兵，然后再对付BOSS就是，方式跟第一章一样，然后打开门,先别上楼梯，通道两边都有东西可拿。上楼梯以后来到一个阳台，先消灭左右阳台的弓箭手，发现两个石像上的宝石没有了，然后用使用无双之术跳到左边阳台，得到朱砂宝石，斩断后面的推拉门，里面有个水晶骷髅，来到右边阳台，得到佛青宝石。回到中央阳台，把两个宝石分边放到两边的石像上，龙口就开了，然后出现一光球，用个弓箭射击光球，降下一平台，跳过去，然后跳进龙口，来到屋顶，屋顶一处有个破口，跳进去，来到一环型通道，先别上楼梯，通道上有个正方形口，下去，里面是村正雕像和存储点，建议在这把龙剑升到第3级。然后返回环行通道，上楼梯，上去以后，后面有个忍者尸体，上去调查，得到神命珠，然后打开门，进入BOSS战。
BOSS：邪忍王
乍一看，BOSS很强，攻击方式也不少，连续攻击，空中回旋攻击，续力攻击，还有飞燕。掌握方法，其实也非常简单，连续攻击和空中回旋攻击的攻击力都很高，尽量不要被这2招命中，飞燕可以防御。推荐方法：跟 BOSS保持距离，不要主动出击，BOSS的攻击能破防，所以不能呆站着用防御。不断使用旋风之术躲避BOSS的攻击，BOSS攻击完后，会有个短时间的硬直，防御BOSS的飞燕攻击后，BOSS也会出现短时间的硬直，上去使用亢龙斩便是，4－5次就可以结束战斗。
雷鸣之魔都
来到纽约，这里的场景比较大，所以要仔细搜索。这里会出现新敌人，忍犬，速度比较快，还会投掷爆破手里剑（请问这狗是这么训练的）从最左边的门进去，调查地上的忍者尸体得到破魔裂风刃。进入后，沿这楼梯一路向上，3楼有几个弓箭手，优先消灭，然后继续爬楼梯，楼梯尽头有个水晶骷髅。 回到3楼，在储存点旁边用飞鸟之术跳到屋顶，这里杂兵众多，空中有飞翔的大蝙蝠，对面还有弓箭手，好在这里有个忍者尸体，可以无限补给弓箭，所以不用客气。全部消灭后，要借用空中的铁杆荡过去，先不要过去，直接跳下屋顶，下面有宝箱，虽说都不是什么好东西，有总比没有好。
都拿完后，然后荡过去，左边有宝箱，右边是存储点，存储点左边有个缺口，跳下去，又一个很大的一个街，搜索后，来到尽头，这时新敌人魔神出现，看着很凶悍，其实一点威胁也没有，飞燕对付。然后跳入下水道，地上的尸体有魄封珠，至于升级哪个忍术，就看各位的爱好了，我忍术用得很少，从楼梯爬上台阶，沿台阶走，从闸门上方过去。这里需要用无双之术一路前进，来到一个丁字路口，往左边走，使用无双之术，跳到前方水中的平台上，得到水晶骷髅，然后跳入水中，水底下有个神命珠。返回到丁字路口，走右边，需要用上栏杆荡过去，途中有个平台上有宝箱，又来到一处下水道，台阶上的尸体调查后，取得爆破手里剑，然后用爆破手里剑破坏两边旋转的风车，先走右边，尽头有宝箱，然后再走左边，用无双之术跳到一栏杆上，荡过风车口，对面有个存储点，只能从下面绕过去，消灭敌人后，来到存储点，旁边的平台有个传送点，跳过去，进入传送点进行百人斩，奖励是九字神珠。 继续前进，消灭敌人后，跳入火车内，从火车内的另一张门下去，前进不久，就是BOSS了。暂且先称这BOSS为钢铁雷虫吧，攻击方式为连续放射雷光球，鱼爆弹和冲撞攻击，冲撞攻击的伤害最大，旁边有弓箭补给，我没找到对付它的好方式，基本是用弓箭蓄力打它的头。
消灭后，第三章结束。
魅惑女神
继续在地铁道里前进，这里基本没什么需要注意的，来到尽头的站台，从楼梯上去，上面有几个旋转的铁门，对着铁门按方向键就可以过去了，然后在一个楼梯的尽头，有个卷闸门，门后几个炸药桶，用弓箭射击，把门给炸飞，终于回到了地面。来到地面，一路前进来到一个小巷子，从这里左边的墙使用无双之术到达一个阳台，得到水晶骷髅。继续超前走，来到一个角落，对面一个村正的雕像，被栅栏档住了，过不去。这里的炸药桶，都给炸了吧，其中有个宝箱在炸药桶后面。然后从存储点旁边的楼梯爬上高速公路，爬上去以后，先回过头，用飞燕跳到对面的公路上，那边有个宝箱，再跳回来，地上的尸体调查得到魄封珠。来到一个缺口，用飞燕飞到对面的平台，得到水晶骷髅，先别急着爬旁边的楼梯，直接跳到地面上，来到村正的雕像这面，这里的宝箱里有神命珠，然后再用飞鸟之术，返回刚才的平台，爬楼梯上去。 上来后，从地上的尸体旁的楼梯上去，先走左边，取得宝箱后，再走到右边的尽头，这里有个BOSS巨人，巨人的攻击方式有：咆哮，砸地，摆手攻击，扔汽车和石快，开始后，马上朝边上跑，因为一开场BOSS就会用咆哮，攻击力很高，飞燕只有在BOSS跪地时才有效，推荐使用风驱+罗刹斩，落地后马上进行回避，一般这时BOSS都会用砸地攻击，如果回避到BOSS背面的话，BOSS会使用摆手攻击，那就继续回避，连续几次后，BOSS会跪下来，这时集中攻击就是。
消灭BOSS后，索妮亚出现，把隼龙带到了自由女神像，消灭草坪上的敌人后，进入自由女神像的内部，这里是展览馆，里面东西很多，展柜里有许多东西，双剑，爆破手里剑，文件。把展柜的玻璃破坏后，就可以拿到。有一个展柜是用的木头，破坏后，里面是XBOX的标志。这里有个传送点，进入以后是挑战100个魔人，奖励是还魂护符。然后上楼，不断向上前进，来到上层，一个角落里有个宝箱，里面是九字神珠，别漏了。
也别急着从中央的电梯口上去，先走楼梯，尽头有个存储点，这是BOSS战前最后一个存储点，然后旋转视角，跳上横梁，可以看到下面的横梁上个水晶骷髅。然后再返回1楼，借用房间中央的电梯口，用飞鸟之术，跳到上层，消灭敌人后，从楼梯上去，其中一层，这个个门能到阳台，那里有个宝箱里面是神命珠。来到嘹望台，这里有村正雕像，然后从楼梯的缺口使用飞鸟之术到达自由女神的头顶，然后与四魔
神之一的雷神艾力克进行战斗。
BOSS：雷神艾力克
很废的一个BOSS，我都还没摸清他的攻击方法就把他给灭了。风驱+来回飞燕，几次后，BOSS就会跪下，上去攻击就是，很快就可以结束战斗了
水之都
来到美丽的水之都，大家欣赏风景吧，由于我是用的电视卡玩，效果嘛。。。比截的图好不少，但是也好不到哪里去，至于截的图为什么效果这样，别问我，我也不知道。说远了。水之都大部分都是水了（你这是废话）大家肯定都想到水里可能有东西，别想了，开始的水里是什么都没有的，所以不用学我在水里搜索了。这里会出现新的敌人狼人和半蛇精，对付起来不是很难，只有半蛇精可以在水面自由行动，如果在水上与之相遇会很被动。开始沿着河岸走，楼梯下面有个村正雕像，继续向前走，右边有座桥，先别过去，继续沿河岸走，前方有个忍者尸体，调查可以得到新武器锁镰。到达尽头后，左边的河岸有宝箱，对面的船上有个水晶骷髅原路返回，来到水果市场，尽头左边进去，有个存储点，继续前进，来到一个户外酒吧，靠门的桌子上有个水晶骷髅，很显眼。来到一巷道内，这里有个地方使用飞鸟之术可以跳到一处阳台，调查上面的尸体，可以得到还魂护符（不过我已经满了，拿不到）。 继续前进，在一道门前有具尸体，调查可以得到鬼神珠，左边有个村正雕像，但是被铁门档住了，只有绕道过去，来到一个喷泉前，跳入水中，潜水下去，下面有一宝箱，里面是水中格林机枪（宝箱位置很显眼，潜入喷泉下就能看到，如果有人没拿到的话，那后面就准备哭吧）穿过水下的通道，来到水巷，这里有水雷，还是移动的，提前装备好水中格林机枪，前方左边有个路口，左边的桥下有个水晶骷髅。然后返回路口，朝前走，尽头右边有个房间可以跳进去，里面有个存储点，上楼梯，出门，消灭杂兵后，超左边，有个半开着的门，进去，打开宝箱得到桥门钥匙，桌子上还有个文件，左边尽头就来到了当初见到的村正雕像。然后回头一直走，用钥匙打开门，来到一座桥上，消灭狼人后，进入圆形斗技场，现去左边的尸体补给下弓箭，然后超右走，到尽头后，千万别先跳下水，用弓箭射击对岸的两个机关，然后桥会降下来，爬上左边的箱子，然后抓住桥下的栏杆，到对岸平台上，这里的宝箱是神命珠。然后跳入水下，超右上方的两个水车走，这里有不少半蛇精，小心应付，消灭完蛇精后，水中出现水雷，非常多，全部消灭后再过去，到水车左边的平台，然后抓住水车上的栏杆，荡到对面的齿轮上，进入房间。进入房间后，先别下去，抓住房间上方旋转的栏杆，荡到对面平台，平台上的宝箱是九字神珠。出房间，超左走，在存储点记录后，继续前进，来到一个广场，消灭半蛇精后，前方的水瀑布就会停，露出一个门，进入酒窖，右边房间有宝箱，，左边房间有村正雕像，继续前进，来到一右转通道，通道前有个左转通道，先不用管，朝前走，前方有个铁门需要钥匙，朝右走，进入另一个房间，打开宝箱，里面是赤铜钥匙，然后回去打开门，调查地面的尸体，得到忍术凤凰焰舞。然后去那左传通道，发现是个死路，这里地面有个环形木地板，跳起向下重攻击，掉到水里，中间平台是传送点，进去百人斩，这个百人斩，难度也还大，敌人是狼人+大蝙蝠，大蝙蝠会涂大火球，干扰，这里有尸体可以补给弓箭，在消灭狼人的同时，也要用弓消灭大蝙蝠，完成后奖励是魄封珠。
这里的存储点是BOSS战前的最后一个，别忘了记录，超前走，前方有块单独的石板浮在水面上，潜入水中，穿过通道，来到水之神殿。刚进来，我就倒抽了一口冷气，水面上全是食人鱼，建议装备锁镰，对付，这里的食人鱼是打不完的，所以可以在这里挣黄婚，消灭食人鱼容易出蓝魂，所以也不用怎么担心。水下有几个宝箱，这里非常大，找宝箱的窍门是，水面上如果有石柱是成圆形排列的，那下面就有宝箱，然后岸边的平台上也有一个宝箱。来到水中央，在一块横着的石柱上，找到宝箱，打开后，得到骷髅钥匙，然后BOSS水龙出现。
BOSS：水龙
这个BOSS，是我玩到现在打得最郁闷的一个，用了药不说，还差点把药用完了，BOSS的攻击方式很多，发射跟踪水飞镖，放食人鱼，咆哮，鱼须攻击，吞咬攻击，建议尽量不要用飞燕，用水上飘，绕
BOSS身后攻击，而且千万别贪刀，因为BOSS转身速度很快，BOSS放食人鱼后，优先消灭，可以打出蓝魂，几次之后，BOSS就会晕，然后跳到BOSS背上，攻击它的尾巴，BOSS剩最后一点血时，绕到BOSS脖子前，按Y重攻击，隼龙就会用龙剑，从下往上把BOSS切成两半。
狼人之城
有两个石柱中间有一个平台，跳上去，然后在两个石柱之间使用飞鸟之术到达屋顶。先走右边，有个缺口可以下去，下面有个宝箱，然后往回走，走左边，有一个村正雕像，然后在石柱上跳跃前进，路上会出现食人鱼，小心对付。进入山洞，调查地上的尸体，得到魄封珠，尽头有个骷髅大门，进入后，一座巨大的骷髅山出现在面前，来到山顶，会出现新敌人，骷髅蟹，全灭后，BOSS，骷髅龙出现，骷髅龙比较容易对付风驱+来回飞燕，几次后，BOSS就会晕，然后继续攻击。 消灭BOSS后，BOSS倒下时，会将一旁的木板敲碎，使用飞鸟之术跳上去，上来后，先去左边，有个宝箱，继续前进，这里有很多骷髅蟹，要多留神，别被偷袭，来到一处断崖，直接跳入前面的矿门。继续前进，尽头使用飞鸟之术，来到城堡，存储点旁的门暂时打不开，只有上楼梯，在储存点旁边有个绞刑架类似物，砍开里面有个水晶骷髅(这个我漏了,感谢高X何B仔的提供,十分感谢)来到上层，这里有宝箱，还有个村正雕像，然后回去，来到楼梯口，发生剧情，狼王出现沃夫出现，刚刚还晴朗的天空，变成了沙尘暴，这时，存储点旁边的门会开，继续前进，来到城堡前院，先边上楼梯，最右边有个传送点，进去挑战百人斩，奖品是九字神珠。然后上楼梯，发现正门打不开，左边有宝箱，走右边，从存储点旁的楼梯爬上去。在一个可以补给箭的尸体旁用飞鸟之术上到最上层，这里有很多大蝙蝠，弓箭不够的话，下去取。前进不久看到3个旗杆，荡到最右边那个去，然后向圣堂的玻璃荡过去，把玻璃撞碎，进入圣堂。 消灭杂兵，打开前方的宝箱，得到青铜钥匙，然后打开门，外面地上的尸体调查能得到笔记
，打开对面的门，跳下去，进入厨房。厨房的储物室里的木桶全部砍掉，可以发现一个宝箱，里面是神命珠。然后来到大厅，打开1楼最左边的门，一路前进（这里每个房间的门虽多，但是能打开的只有一个）进入武器库，消灭杂兵后得到黑腈钥匙，回大厅，上2楼，左边有宝箱，打开2楼右边的门，这里会出现新的忍者，会用爆破手里剑，小心对付，然后借用壁炉里的墙壁，用飞鸟之术上去，在上层的房间再借用壁炉里的墙壁，用飞鸟之术上去，途中会经过藏书馆，进门左上角打掉书，会有一个水晶骷髅(感谢 lym851221 的提供)，来到屋外。先不用管楼梯上的门，去左右边，借用旗杆，荡到对面，这里有两个宝箱，宝箱旁还有个村正雕像，其中一个打开后，会出现食人鱼。
然后回到楼梯那，调查门，发现门被锁了，这时，杂兵出现，全灭后，得到黄金钥匙，开门，见到狼王沃夫，狼王起身去斗技场，消灭杂兵后，调查王座，地面上会出现一个缺口，跳下去，存储记录后，打开门，来发现回到了城堡前院，从最开始进入进入前院的路返回，来到环行斗技场的桥前，这里会出现很多大蝙蝠，全灭后，进入斗技场进行BOSS战。
BOSS：狼王沃夫
狼王的攻击力很高，冲刺攻击很快，还有镰刀回旋攻击，速度非常快，不要轻易近它身，保持距离，在狼王使完攻击完后，使用风驱+飞燕来回2次，然后马上进行回避，几次后，BOSS会晕，上前攻击，大概3次后，就可以消灭BOSS，然后得到BOSS的武器，暗月镰刀，还没完，看台上的狼会跳下来，敌人的数量非常多，小心应付，消灭到一定数量时索妮亚会驾驶直升机再次出现，帮隼龙解围（谁能告诉我那直升机是什么名字？很强大啊）然后带隼龙离开。
飞行要塞戴德勒斯
开始掉到甲板上，前方有两块铁板，马上过去，边上有个箱子可以补给弓箭，然后消灭前方，左边，右边的机枪炮台，一共6个，这时索妮亚会帮忙消灭导弹炮台，随后被击落，这时，前方的大门会打开，出现新的敌人，爬行机器人，要小心当这种敌人被打败后，会自爆，可以用防御或旋风之术躲避，调查电梯的移动装置，发现没效果，只好进入前方的门，这里会出现新的忍者敌人，会使用机枪，消灭敌人后，左右通道的尽头都有宝箱，，另一个通道尽头还有一个宝箱，里面是神命珠。 一路前进来到机器人仓库，又出现新的敌人，巨型机器人，速度非常快，头被斩掉以后还不会死，推荐方法是，用飞燕对付，只要斩掉它的头或手之后，马上上前按Y使用重攻击，然后防御或旋风之术躲避躲避它的爆炸，然后启动电梯，来到操作室，这里的电脑可以破坏，其中一个电脑破坏后，可以得到水晶骷髅。 随后来到导弹库，这里的宝箱里有神命珠。来到前方通道，前方有个红外线组成的墙，碰上去会损血，而且还会惹来敌人，所以暂时不管，从右边的门进入右引擎室，先破坏全部电脑，然后用弓箭破坏反应炉上的黄色的能源瓶，警报又会响起，然后从现在开始，忍者敌人会装备火箭筒来对付隼龙.遇到这种敌人，要优先消灭。出房间，前进进入左边的门，里面有存储点给村正雕像，可以买到神命珠，不过只有一个可以购买，出门继续朝前走，打开旁边的门，进入休息室，调查床上的尸体得到日记，然后从这里的电梯，来到监控室，消灭敌人，破坏全部电脑，从一旁的楼梯爬上去，这里有个宝箱，里面是九字神珠。 这里有个存储点，先破坏电脑，然后左右两边的门会打开，左边是传送点，百人斩试炼，这个百人斩是目前为止最难的一个，敌人是巨型机器人+忍者.巨型机器人和忍者配合起来非常之棘手，旁边还有忍者不断用火箭炮攻击，我打了2遍才过.推荐使用忍术，反正通过了，会全部补满，奖励有两个宝箱，其中一个打开出现食人鱼，另一个是破封珠.右边的门内的宝箱是忍术暗极重波弹。然后调查电梯开关，来到下层，地上的尸体调查得到新武器双拐，出门后，右边有个水晶骷髅。
继续前进，来到连接飞机右部的外通道，这里有3个机枪炮台，用弓箭消灭，过去后遇到索妮亚，她正拿火箭筒在大肆破坏，隼龙要她小心点，他可不想现在就坠机，然后一路前进，来到最开始的地方，原先不能开启的电梯可以动了，来到一个村正雕像前，前方是一个外部连接通道，由个机枪台，消灭后，过去有个存储点，记录后， 开始BOSS战。
