故事背景
一开始，本作的开头与前作无二。故事的开头依旧是发生在月想海学院里。熟悉的建筑与楼层分布，人物的着装与性格完全没有改变，相信玩过前作的玩家，将会在开头找到一股熟悉的感觉。与前作一样，在月想海学院里，圣杯战争正在秘密进行着。但是，突然而至的黑暗侵蚀，使得一切的日常化为了乌有。
在主角醒来后，已经身处于月想海学院的旧校舍了。而且在旧校舍的众人，都失去了关于圣杯战争的记忆。通过里奥等人的勘察与测量，众人得知本应处于“月之表侧”进行圣杯战争的他们，已经身处于“月之里侧”，而且无法返回表侧。为了从里侧脱出，为了解开异变的真相，里奥成立了学生会。为了解开当前的困境，众人开始向唯一可能存在出口的“樱之迷宫”进发~~~
