《质量效应》系列最吸引玩家的其中一点就是其存档导入系统。你在前作中做出的决定将会被导入下一部作品，进而对整个系列的游戏情节造成影响。考虑到《质量效应3》马上就要上市了，下面罗列了一些之前游戏中，玩家做出的决定将会对续作造成的影响：
1代决定：
Urdnot Wrex：在Vimire，Urdnot Wrex在是否要摧毁一个研究设施的问题上与斜坡发生了冲突。如果你无法说服Urdnot Wrex，或者没有在支线任务中找到他的传家护甲，那么你就不得不杀死他。这样一来，他就不会在随后的续作中出现。注意：如果你没有将1代角色导入2代，那么Wrex必死无疑。如果你有耐心将整个系列重新玩一遍，那么你可以在“Genesis”DLC中，观看一个可互动的漫画，在漫画中，可以与各位角色进行互动。
Rachni Queen：在Noveria上，你必须做出放走还是杀死Rachni Queen的决定。不管你的选择是什么，Rachni并没有灭绝，但如果Queen存活，剩余的Rachni会成为你的帮手，而如果Queen被你杀死了，Rachni一族就会变成席卷整个太空的“蝗虫”。
Ashley Williams和Kaiden Alenko：当你在Virmire上的时候，还面临着一个是否牺牲队友的决定。你不得不在队友之间做出选择。总的来说，不管你选择的是谁，都不会对3代造成太大的影响。
The Council：在1代最后，你必须做出一个最重要的决定，是否前去救援Destiny Ascension，以及整个议会成员的性命。如果你没有去救援，那么你就会成为人类的代表。帮助人类成为与外星种族平起平坐的种族，或者让人类成为整个太空的主宰。如果你帮助了议会，议会就会承认人类在太空中的低位，并让人类加入到议会的行列。这个决定是1代中最重要的一个，重要的不是你选择了Udina还是Anderso成为议员，而是整个2代以及3代的故事背景，另外，Udina似乎在3代中扮演着重要角色。
推倒剧情：很明显，这是玩家们最关注的一个话题。在1代中，根据玩家性别的不同，会有2位NPC被推倒，分别是Ashley和Kaiden，以及双性人Liara。但如果你在1代中推倒了某个NPC，而在2代中搞劈腿，那么会对3代的推倒剧情造成一定的影响。如果你至始至终对一名NPC保持爱意，或者压根就没有推倒任何NPC，那么在3代中，你就不用担心任何的问题，随你怎么搞。
属性和技能：在2代开头，斜坡因为遭到Collector的攻击而死亡，随后被Cerberus救活，这样一来允许玩家重新自定义斜坡的各项数据和面貌等等。但在3代中，玩家不太可能可以自定义斜坡的外观，但是技能、职业特长甚至一部分武器可以直接导入3代。正义和叛逆值会在3代开头给予你一定的额外加成，但作用不会很逆天。
