《光明重影》的故事背景被设置在了23世纪，因为环境被破坏，农作物颗粒无收，人类爆发了核大战，战争带来的核能释放导致了剧烈地质活动，世界上的三大火山几乎同时爆发，厚达百米的黑色烟尘铺天盖地。2274年避难所（the last shelter，简称TLS）升空，精英社会群体移居太空生活。2284年黑色烟尘散去，人类文明一片狼藉，地面幸存者十不存一。
故事发生在那场浩劫发生的数年之后，女主角拉克希斯（Lachesis）的飞船被意外击落，飞船坠落巨大的冲击力使得拉克希斯失忆了，不过这还不是最糟！她原本以为身边的小机器人能告诉她一切，然而这个叫做阿尔法的机器人，也被重置了！混乱的世界伴随着各个势力的纵横交错，神秘莫测的TLS，自称为反抗组织的“自由之血”，号称为了恢复地球秩序而战的“灰膛线”，以及旧人类的信仰者“圣殿骑士团”，伴随着你结识的各类人物，你身上的谜团也终将解开，一切的答案就在那“重影”之中。
