在新的故事模式中，玩家将游玩到三个不同的故事，在新的故事中主角将要面对更加强大的全新黑帮组织。
在此故事中，林肯将与前女友联手，一同对抗带有威胁的全新敌人，游戏中将会有众多追逐场面及众多华丽的赛车特技。
《时代之印》
因神秘的连续杀人事件，新波尔多市陷入了前所未有的恐慌，从黑暗的沼泽深处到神秘的制药中心，追逐阴谋的任务开始了。
《所有手段》
残忍无情的对手在此出现在了新波尔多市，林肯将与老友约翰联手，一段从越南战争时期便开始的战争在一片丛林中展开了。
《黑手党3》DLC追加内容将会陆续开放提供下载。
