共通路线
龙成学园第二科学部只是一个有着四个正试成员和一个准社员的小社团，说是科学部，真正乐于活动的只有主角飞野逸人一个人，其它人只是为了建社凑数而被拉进来的，包括逸人的好友大峰晴夏，说话轻浮但看上去是个笨蛋的浅仓义人，零食魔人藤井刚(说起来他本来想加入的是料理社)。说起飞野逸人的发明可谓千奇百怪，除了试飞失败而报废的龙之号MK7-Va外，还有思想探测器和圆盘型警卫机器人等各种东西。
而逸人也有着很多的朋友：新来的准社员逸人的青梅竹马春奈光(CV：野中蓝)，口上恶毒内心温柔的学姐馆川珠姬(CV：真堂圭)，同班的无口图书少女鸟仓菜菜莉(CV：后藤邑子)，个子矮小性格开朗的学妹空木柚子(CV：小林沙苗)。有这么多人陪伴，逸人的学校生活充实而愉快。
可这天，被称为师匠的指导老师神原玄九郎却告诉了他一个惊人的事实，师匠正在试验的时间跳跃机似乎成功了。放学后满脑子都是时间跳跃机的事的逸人又再次在校门口遇到了那位从天而降的神秘少女...
正巧的是，第二日众人刚好要为购买师匠的“时间跳跃机”的零件来到秋叶原，在某位蓝发少年(少年听到了飞野逸人的名字也吃了一惊，这是为什么呢)的指引下众人来到了贩卖零件的商店，在那里，逸人再次与神秘少女相遇了。
看来少女也在寻找零件，很多店家都表示没货，这时逸人想起来两人的飞行器外型都差不多，看来是同一种飞行器。逸人问起少女是不是也很喜欢飞行器，但却被少女又骂了一通，“我最讨厌发明了”，听到两人争论的店主走了出来，少女见状从怀里拿出一张写有零件名字的纸，这时逸人吃惊的发现两人要买的零件完全一样。这时店员说起之前也有很多人想买这零件去制作“时光机器”但是失败了，而之后来店里闹事的客人也不少，所以之后他基本不会卖这个零件了。店主认定眼前的少女也是那种一失败就怪到别人身上的人，觉得有点受不了的逸人挺身而出坦护少女，死磨硬泡下店主答应把零件卖给少女，从逸人手中接过零件的少女脸上一阵通红的说了“谢谢”，但再次被误解为发明同好的少女随后又气鼓鼓的走了。这时众人找到逸人，逸人这才想起他要买的零件的事，没想到店主说刚刚拿给少女的已经是最后一个了，结果逸人只好买了价格很贵的可替代零件。
回到学校的逸人从师匠手上接过了一台收信机，据师匠说这台现在机器可以接受某种特殊粒子发出的电波。。。果然如师匠所说，晚上与收信机连接的手机突然收到了一封不明来信，一顿吵杂的声音后似乎有人说话的声音，但逸人听不清这是什么。
第二天逸人把手机拿给师匠一看，师匠竟然听出了前半段话是由八个日语音节组成的一句话。。。而且师匠说现在逸人的这台手机已经是时间机器的原型了，这封古怪的音频信息很可能来自未来。看到逸人一脸不可置信的样子，师匠拿出了一块透露出古怪气息的石头，这块无法解析其内在构成的石头中含有人类所未曾认知过的元素，更扯谈的是这块石头竟然能捕捉反粒子，从而能将未来的信息带到过去，师匠将这块石头命名为——阿卡斯提亚之石。
同时师匠也提出了自己的设想，这块石头所做成的回路被装置在收信机内，但它是否能收到信息有很大的随机性，就如同大海捞针一般，而问题就在于逸人收到的信息有很强的指向性，明显是事先就设定好目标的，看来未来人向这个时间点的这个地区大量发射了该信息，可未来人为什么这么做还是一个谜。
上课时，逸人又再次看到金发少女在走廊里闲逛，而且一整天都似乎在跟踪着自己。追上去想问个究竟的逸人抓住了少女，少女谎称自己是转校生，逸人假装相信了这一番胡言，说要带“转校生”参观以下校园，这时少女说出了自己的名字——时任有里佳。
参观一圈校园后，起初有里佳对任何事都没啥兴趣，但慢慢的她也慢慢起了兴趣。直到来到第二科学部的活动室，有里佳和师匠发生了冲突，并指责他是一切的元凶。冲突一触即发，就连逸人也忍不住想发火了，结果还是光把场面给HOLD住了。
一天的晚上，逸人再次收到未来发来的新的不明信息，申重起见逸人谎称一篇音频信息损坏将音频发给义人，请他帮忙分析音频。据第二天师匠对音节的分析和逸人自己的推理，这句话的前三个字是逸人的名字，而师匠认为第二次收到这种信息偶然的可能性很小的，这条信息恐怕正是发给逸人的。不过他也说时间点极难判断，可能是数日后的逸人自己也可能是一亿年后人类灭亡之时，而分析结果也是没有任何头絮。那晚，光顾着和光通电话的逸人不小心打翻了龙之号的燃料罐，高挥发性的燃料引发了爆炸，虽然从窗户跳出的逸人及时受身未受什么伤，但自己的房子却被烧了个精光。2018年9月19日，逸人失去了自己的住所。
共通路线 完
