真结局线
2018年9月11日早上，一觉醒来的逸人发现了有些不对劲，竟然在梦中回忆起了与很多人的回忆，光的LIVE，珠姬的COSPLAY咖啡馆，柚子的鬼屋，菜菜莉的科学秀以及最后在大地震里被破坏的城市，一切都是这么的真实。中午准备进行“龙之号”实验的逸人再次感觉到了异样，接下来发生的事和他之前梦到的一模一样，从天空落下的少女时任有里佳以及她对逸人那糟糕的态度。
和师匠说起这件事时，师匠认为这是逸人可能不自觉得感觉到了不曾知道的情报的超能力也就是预知能力，也有可能是在无意识中知道了不曾知道的事，这种解释虽然有一定的可能性，但却不能说明所有问题。
晚上在校门那里逸人再次感觉到了有里佳会出现在那里，怀疑有里佳背后的飞行器也是“龙之号”系列的逸人想找她问个究竟，没想到被光给打断了，而且光还误以为和有里佳答话的逸人是LOLI控。
夜里，一个小小的身影潜进了学校，并打开了社团教室的门。这人正是时任有里佳，夜里暂时住进社团教室的她盘算着怎么完成她的所谓的“任务”，虽然不情愿，但飞野逸人只能是最好的协力人选了。
第二天去逸人在秋叶原的店先行埋伏了起来果然碰到了有里佳，她的嘴里面好像正在说着阿卡斯提亚的事，听到这里的逸人问有里佳是怎么知道阿卡斯提亚之石的，这使有里佳吃了一惊。把有里佳拉到一旁的逸人想详细问一下时有里佳绝口不提阿卡斯提亚之石的事反而问起了逸人为什么会先行一步在店里。接着有里佳小声的说逸人可能是在“跳跃”时留下了未来的记忆，刚想问个究竟的逸人却被有里佳给回绝了，“就算我一个人也会做出点事来，从开始到结束，这都是我的责任。”丢下这句话的有里佳头也不回的就离开了。
古怪的语音短信，不愿和他多说话的有里佳，逸人的脑子都快要爆炸了。这天晚上在床上发呆的逸人再次接到了电话，这里有选项选择メッセージを聞く。被光的话语所鼓励的逸人决定要改边他在梦中所看到的大家最后的那个结局。而逸人也发现在无数的回忆里有个共同点：没错，如果没有9月19日自己家的爆炸他就没机会住近社团教室，而之后的事也不会发生，知道了这个分歧点的逸人开始着手改变命运。早上来叫逸人起床的除了光还有在逸人房子旁打转的有里佳。逸人虽然知道自己家会爆炸却怎么也想不起来时间，这时光说起逸人家里有股奇怪的气味，逸人这下才想起来爆炸原因是空气中挥发的易燃气体，以最快速度将两人拉出去的逸人还是迎来了爆炸。逸人还是失去了自己的家。
之后逸人和有里佳来到了光的家里，光说家里的人一般很少回家所以两人住下也没什么。逸人这时想起了之前光的双亲的事，看到有里佳也要住在一起的样子，逸人感叹事情又麻烦起来了。不一会儿，逸人的手机又响了起来，这里还是选择メッセージを聞く，这次听到的语音信息更清楚了，分明是叫逸人把零件全收集起来。这时睡不着的有里佳来到了客厅，看到光很早就已经入睡，逸人决定要和有里佳好好谈谈。
有里佳还是一副很抵制逸人的样子，而且坚决反对他帮助自己。但在逸人曾不顾自己家和发明品的安危救出有里佳的份上，她还是对逸人说了一个事实：她正是从未来而来，而她来的目的是为了纠正逸人所歪曲的历史。但是因为她的介入，未来更加扭曲了，因而造成了毁灭性的大灾难，所以如果在这个时代的她可以回到未来的话，说不定就可以避免这个最坏的结局。有里佳从天空落下时后面背着的，正是以“龙之号”为原型开发的时间机器。这时逸人想到了这封语音信息正是要让他收集全部能修好有里佳的时间机器的零件，看来命运已经把两人连在一起了。
第二天早上，逸人明明知道是周末，却以上课为由先行支走了光，之后逸人带着有里佳开始着手准备收集散落在学校里的时间机器的零件，想必能玩到这里的玩家应该很清楚所有零件的位置，零件正是在其它路线上出现的神秘零件。但是看了我之前的攻略应该也明白神秘零件只有三个，还差最后一个，对于这最后一个逸人也是完全没有相关的记忆。这时逸人不断在脑中回忆起之前的事，光，珠姬，柚子，菜菜莉，逸人拯救她们其中一个人的心然后就会遇到大地震，时间就会跳回从前，但这一切似乎都和语音短信提示的一模一样。逸人突然想起是不是同时拯救所有人，未来就会改变呢?这时逸人再次收到语音短信“去做吧”
重新去玩了一轮接一轮的后宫战后的主角，这时没想到这时却传来了第二科学部要被学生会强制解散的消息，这时逸人突然想起了之前他曾在社团教室试过搜索短信发信源，而发信源却在很近的地方，现在一想那很可能是零件产生的干扰，最后一块零件，就是社团教室里。想到这里的逸人立刻去学校与光她们汇合。
支开学生会成员开始寻找零件的逸人却看到了令人感到十分意外的事，有里佳竟然拿着一罐酒精和一个打火机，她想从逸人嘴里确认，是她们比较重要还是发明品更重要。逸人说这样的行为很可能烧掉那最后的零件，但有里佳还是固执的不想放手，她一定要得到那个答案。为什么有里佳会对自己这么执着呢。这时逸人回忆起了之前的一切，每次逸人和其它女孩子在一起时，有里佳必定会上前干扰，这如果不是爱情，必然是出于对至亲的独占欲;有里佳说过自己的爸爸是个工作狂，妈妈怎么劝都没用;之前有里佳也说过“时任有里佳”并非她的真名。照说一个未来人并没有使用假名的必要，除非是在有可能看穿自己身份的人的面前。这一切的线索都连在了一起，有里佳正是逸人将来的女儿。
逸人还是选择了自己的亲人，放弃了第二科学部，并把所有的发明品都让学生会处理，因为要改变未来他还要拯救一个人的心：时任有里佳，不，这个少女的真名是：飞野明里。
虽然毁灭性地震的可能被推后了，但世界还是有大规模地震频发的趋势。世界虽然正向着正确的方向发展，但还是相差不少。因为有语音短信的存在，所以可以断定未来必然是已经得到修正的世界了，逸人还必须干点什么。为了完全修正未来，还必须把明里送回未来，本来以为明里会很伤心的逸人看到的却是她的笑脸。世界的灾难越来越接近了，逸人不得不抓紧时间制作时间机器，终于在学园祭的那天，新的“龙之号MK-8”完成了。这时地震开始发生，短信也提示逸人世界的毁灭时间是8点5分，还有7个小时。。。
但是在学校的屋顶并不满足时间机器启动的失重的条件，必须要去海拔450米的了望塔，但这种情况地震频发下谈何容易，没想到支开光之后走出校门的逸人和明里迎接他们的是所有的伙伴们，在他们的帮助下，逸人和明里赶往展望台。另一方面，隐隐有点不好的预感的光召集了原第二科学部的成员，给他们听了逸人最后的留言。。。这时已经赶到塔顶的逸人和明里却无法启动时间机器，原来是缺乏启动密码。再次收到了短信，这里还是选メッセージを聞く。短信告诉逸人启动的钥匙是歌词。明里想起来这是她母亲最喜欢的歌，但她并不记得歌词。此时给逸人打电话的光听到了明里的歌声后说这是她最喜欢的歌，并把歌词告诉了明里。在与众人感动告别后，逸人也紧紧抱住了自己的女儿。
“这台龙之号根本没有做过实验，所以这算是保险，如果它掉下去，我也会做你的肉盾。”其实真正的事实是，如果明里回到了未来，而被改变后的世界注定逸人必将会诞生不同于现在的明里的另一个明里，这样就会产生时间悖论，所以最好的结局是逸人自己就死在这里。正当逸人带着明里一起跳下去时，明里背上的龙之号启动了，而逸人却往着地面摔了下去。
没想到逸人摔的地方有个充气垫子，原来是光拜托大家把这个气垫运过来的。看来是光担心逸人乱来而受伤，“真是靠的住的同伴啊。”自嘲的逸人无奈的看了看天空。
回到了未来的明里迎接她的是温柔的父亲和和蔼的母亲，母亲的那一头红发好像在哪里见过。
大难不死的逸人又决定搞起了第三科学部，这次除了老社员外，柚子，珠姬，菜菜莉都加入其中。这时逸人发现光不见了，来到屋顶的逸人找到了光。。。
“龙之号的开发还会继续呢。”
“这次的新机的名字就叫——龙之号明里!”
Code_18 全剧终
