昨日(2013年3月26日)，日版任天堂3DS迎来一次小规模的本体更新，更新后版本为5.0.0-11J。这次更新主要提高了e商店性能，就算在e商店启动过程中进入休眠模式也可通过随时通信进行后台下载，同时更新补丁也可使用后台下载，e商店中还新增了存档转移工具可供玩家下载。
与此同时，部分玩家更新到5.0.0-11J之后出现无法进入e商店、无法进入本体设置、无法进入游戏笔记、电子说明书(但游戏却可以照常玩)等恶性BUG，玩家纷纷涌入日本任天堂官方推特和脸书抱怨。对此，任天堂官网发出解决这次BUG的紧急公告，全文翻译如下：
关于任天堂3DS/LL无法进行本体更新的症状：
关于今天开始配信的任天堂3DS/LL本体更新，有一部分玩家出现“本体更新时发生错误，之后无法再更新”的问题，目前我们正在调查具体原因。据我们确认，无法进行本体更新的玩家可按照以下方法实现继续更新，给大家带来的不便敬请谅解，希望大家可以照此方法再次尝试更新。
1、关闭主机电源。
2、同时按下“L+R+A+十字键↑上”的情况下开启电源(在显示系统桌面前不要松手)。
3、在本体更新的画面中点击OK。
