第五章
コロニー6
本章自动返回脱出艇キャンプ，剧情后2人决定帮カルナ再去追寻她的弟弟。此时回到刚才打BOSS的瀑布附近走右边过桥通过一山洞来到コロニー6地区的一个3岔路口。在这里左边通往コロニー6的大门关闭不能打开，不过可以在旁边的商会更换下装备，之后岔路右边乘电梯下去来到巨神刺道。（这里可以采到风属性矿）这里通过曲折的走道可进入前面的コロニー6的地下排水口。
这里在下水道的排水机关室也会遇见商会可购买装备，走出机关室会发现坑道里面也有机神兵在徘徊，下去后右边有地矿石，（这迷宫里很多矿石采掘点）左边走可来到地下1号采掘场，这里路线比较复杂，某处可发现一处密境地底湖，不过那的怪物比较强。一路绕到3号采掘场出去后发现这里有遭到机神兵团的袭击，这里会有个老头オダマ加入NPC队伍，老头会讲起一些事情，消灭这些机兵后老头要大家去中央采掘场，主角预见到老头说的话感到有些不安。
中央采掘场
经由第4采掘场到南边采掘监视所扳动一个开关，可以看见旁边的一扇大门开启，绕过去进入即可来到中央采掘场。这里乘电梯下去到第1层，在中间走环行走道去到对面，（小心别被移动的机翼给推了下去）上电梯去到2层。而第2层需要走到环行区域的尽头那个调整区域前等待电梯上来，上电梯等往上走之后过去转乘另一个电梯去到第3层的东北方向。沿岩壁走可乘电梯下到第4层，第4层主要是等中间那机翼移动过来，再走到机翼上等移动到另一平台时走过去，移动到西边区域下电梯到最底层。
来到底层会看见地上一滩血渍，那个抓走少年的谜之机神兵出现，剧情后进入BOSS战。此BOSS打法和第一次打机神兵BOSS那样，普通攻击只能早成其1点伤害，只有先蓄满左上那条槽调战斗菜单到チェインバトル上使用“崩し”等指令之后才能攻击他，比较麻烦，而且小机兵喽罗又多，所以此战难度比较大。战斗结束后由之前老头的帮忙最后终于消灭BOSS，由于先前预见了未来使得改变了未来老头并没有死，救下少年ジュジュ后和老头一起已NPC入队并得到一把武器。
随后原路返回在第3层的南边乘坐大电梯准备脱出此矿场。但电梯运行到半路上时刚才那个神机兵BOSS会突然蹦出，原来刚才并没有死，再次进入BOSS战，此次难度要少许多，再次胜利后脱出矿场，矿场也爆炸蹦坏了。但矿场外面还有众多神机兵在等待着主角们，好在此时前辈ダンバン和ディクソン出现助阵，他两会加入队伍，可以使用队伍编成将他们编到战斗队伍中来。进入战斗后采取逐个击破的战术便能轻松取胜。战斗结束后会有大段剧情，主角们会被一神秘生物所救！
第六章
磷光之地ザト-ル
沿着山道笔直前进，通过雾之街道来到磷光之地ザト-ル，这里往南直走可发现ノボン族商会集所，更换下装备后往东南方向走，在一片毒沼区域的右边爬藤条上去，继续东南走经过湿原沿路直走可发现一个灯柱，剧情后往北走，倘水流逆流而上经过进入水门来到一处遗迹。在这里会触发重建コロニー6的任务，之后同旁边的ノボン商会交谈会领取到收集4个磷光的“仪式之准备”任务，此任务为主线剧情必做的任务，用来完成成、人仪式，4处磷光位置地图上会用“！”标记起来，回头去找就行，但要注意磷光的周围都会有强力怪物徘徊，小心去取吧！任务完成后会在遗迹广场正中间出现一个“成`人之纹章”，拣起来后会有只LV28的守护神出现，消灭后即可完成古代仪式的任务，随后可看见前面有个传送点，但是现在没有古代纹章，传送点还不能开启。
此时在传送点处走左边沿着姐妹遗迹雕像建筑墙壁走，爬藤条爬到雕像顶部后进入到巨神胎内。在这里面比较简单，基本就是一条直路，走到黄色水池的地方叙用利用喷出的水喷到下一场景。一路上没有敌人出现，经过气管路时会有机神界剧情出现，随后本章结束！
